Tworzą bazę sygnatur molekularnych wirusów

Brytyjscy naukowcy chcą stworzyć bank sygnatur molekularnych, który pozwoliłby zidentyfikować zagrożenie ze strony konkretnej infekcji na podstawie charakterystycznych zmian w komórkach. Obecnie zespół przygotowuje "kody kreskowe" dla różnych szczepów wirusa grypy oraz wirusa RSV - głównego patogenu odpowiedzialnego za infekcje dróg oddechowych starszych dzieci i choroby dolnych dróg oddechowych niemowląt.

Podczas grypy wirus przejmuje nasze komórki, przeobrażając je w fabryki pracujące na użytek patogenu. Infekcja zaburza równowagę białek w komórce - niektóre proteiny są produkowane w nadmiarze, inne w mniejszym niż zwykle zakresie. Rodzaj wybieranych białek i stopień modyfikacji produkcji zależą od wirusa, co pozwala nam sporządzić kod kreskowy choroby - tłumaczy dr Julian Hiscox z Uniwersytetu w Leeds.

W artykule, który ukazał się w piśmie Proteomics, naukowcy porównywali zmiany zachodzące w komórkach nabłonka płuc zainfekowanych wirusem świńskiej grypy z epidemii z 2009 r. (A/H1N1) oraz wirusem grypy sezonowej. Brytyjczycy zastosowali znakowanie aminokwasów w hodowli komórkowej (SILAC). Znakowanie przeprowadza się za pomocą pożywek z aminokwasami zawierającymi ciężkie izotopy; chodzi np. lizynę czy argininę z węglem ¹³C lub azotem ¹⁵N. Analiza ilościowa polega na wspólnym pomiarze widm MS oznakowanych próbek.

Podczas eksperymentów spektrometria mas pozwalała wskazać białka, na które infekcja wirusowa wpływała najsilniej. W raporcie opisano kilka procesów zaburzonych przez wirusy (oczywiście, gros zmian dotyczyło białek zaangażowanych w replikację komórki).

Świńska grypa wpływa na płuca w podobny sposób jak grypa sezonowa. Znalazło to odzwierciedlenie w opracowanych dla nich kodach kreskowych - przekonuje dr John Barr, dodając, że gdyby metodę tę zastosowano w 2009 r., mogłoby to złagodzić lęk przed tzw. świńską grypą. W następnym etapie będziemy testować bardziej zjadliwe szczepy grypy, np. ptasiej grypy. Sprawdzimy, czym się różnią [od pozostałych]. Wirus grypy nieustannie mutuje, wskutek czego powstają nowe szczepy, które mogą doprowadzić do groźnej pandemii. Dzięki naszej metodzie będziemy w stanie określić potencjalny wpływ zdrowotny kolejnego wirusa; trzeba będzie po prostu porównać kod kreskowy nowego i znanych wirusów.

sygnatura molekularna kod kreskowy białka wirus produkcja