Badają pełen genom czerniaka

Rozwój czerniaka, najbardziej śmiercionośnego nowotworu skóry, od dawna był łączony z ekspozycją na słońce. Teraz uczeni z Broad Institute i Dana-Faber Cancer Institute zsekwencjonowali genomy 25 metastatycznych guzów czerniaka, potwierdzając w ten sposób rolę słońca w jego powstawaniu oraz odkrywając ważne dla formowania się guza zmiany genetyczne.

Badania genetyczne guzów nowotworowych były dotychczas prowadzone bardzo wybiórczo. Były to badania przekrojowe, dotyczące wielu rodzajów nowotworów, podczas których porównywano tylko te fragmenty genomu, które brały udział w produkcji protein. Analiza pełnego genomu aż 25 guzów to samo w sobie niezwykle wymagające i czasochłonne zadanie. Jednak dzięki niemu można zdobyć informacje, które są niedostępne w żaden inny sposób.

Zsekwencjonowanie całego genomu zapewnia bogactwo informacji, które nie mogą być zdobyte dzięki sekwencjonowaniu eksomu - stwierdził doktor Levi A. Garraway, współautor badań. Przyglądając się całemu genomowi można znacznie bardziej dokładnie określić częstotliwość mutacji i ich różne rodzaje oraz z większą precyzją opisać przebieg wywoływanej ultrafioletem mutagenezy czerniaka - dodał drugi z autorów badań, Michael F. Berger.

Dzięki swoim badaniom uczeni dowiedzieli się, że liczba mutacji rośnie wraz z czasem ekspozycji na słońce. Wykryto też wiele różnych mutacji strukturalnych. Tak, jak się spodziewano, odkryto znane już mutacje w genach BRAF i NRAS. Występowały one w 24 z 25 guzów. Oba te geny biorą udział w przekazywaniu sygnałów istotnych dla wzrostu komórek.

Naukowców całkowicie zaskoczyły zaś zaobserwowane mutacje w genie PREX2. To gen znany z tego, że po zmutowaniu blokuje w nowotworach piersi supresję nowotworu. Mutację tego genu wykryto u 44% pacjentów, a w poszerzonej próbie 107 guzów częstotliwość mutacji wynosiła 14 procent.

Naukowcy nie rozumieją sposobu działania zmutowanego PREX2. Gdy pracuje on normalnie, współdziała z  proteiną PTEN, która blokuje rozwój guza. Badania na myszach pokazały, że zmutowany PREX2 w jakiś sposób przyspiesza wzrost guzów.

Tymczasem w przypadku czerniaka znaleziono na przestrzeni całego genomu liczne zmutowane PREX2. Co ciekawe, mutacje były obecne nie tylko w typowych miejscach, które przeradzają się w onkogen. Uczeni mówią, że wzorzec mutacji był podobny do typowego dla genu supresora nowotworu, ale z funcjonalnego punktu widzenia jego zachowanie bardziej przypominało onkogen.

Naukowcy uważają, że warto bliżej przyjrzeć się takim niespodziewanym znaleziskom w genomie nowotworu, gdyż być może wzięcie ich na cel pozwoli na opracowanie skuteczniejszych metod terapeutycznych.