Program szuka leku na raka

Specjaliści z IBM-a i Baylor College of Medicine opracowali oprogramowanie, które czyta prace naukowe w poszukiwaniu lekarstwa na raka. Obecnie oprogramowanie analizuje ponad 60 000 prac dotyczących proteiny p53. Bierze ona udział w powstawaniu nowotworów. Program, przetwarzając tekst, szuka informacji o kinazach białkowych regulujących pracę p53.

Kinazy białkowe to enzymy, których działanie prowadzi do zmiany zachowania białka. To właśnie one są częstym celem terapii przeciwnowotworowych. Wspomniany program tworzy listę białek wymienionych w pracach naukowych i - bazując na tym, co wie o istniejących kinazach - próbuje przewidzieć, które z wymienionych w pracach białek mogą być kinazami.

Dotychczas z listy kandydatów stworzonych przez program przetestowano 10 białek. Aż 7 z nich okazało się niezidentyfikowanymi dotychczas kinazami białkowymi, poinformował Olivier Lichtarge z Baylor. To nie pierwsze tak imponujące osiągnięcie oprogramowania. Lichtarge zdradził, że w ramach testów analizie poddano teksty naukowe, które powstały przed rokiem 2003. Chciano w ten sposób sprawdzić, czy program jest w stanie zidentyfikować kinazy białkowe p53, które wówczas nie były znane, a teraz zostały zidentyfikowane. Okazało się, że oprogramowanie odnalazło w pracach aż 7 z 9 kinaz p53, o których istnieniu dowiedzieliśmy się po roku 2003.

Biologia p53 to kluczowe zagadnienie dla każdego rodzaju choroby. Zwykle odkrywamy nowe kinazy białkowe w tempie jednej rocznie. Teraz można to znacznie przyspieszyć - mówi Lichtarge.

Naukowiec dodaje, że chociaż oprogramowanie zostało skonfigurowane pod kątem poszukiwania kinaz, to prawdopodobnie poradzi sobie również z identyfikowaniem fosfataz, które mają odwrotne działanie do kinaz. Być może pozwoli też na wyszukiwanie innych białek mających wpływ na działanie p53.

Przyspieszenie odnajdowania kinaz oraz wysoka trafność przewidywania powinna doprowadzić nie tylko do szybszego opracowania nowych leków, ale również do spadku ich cen. Stworzenie nowego lekarstwa kosztuje od 500 milionów do 1 miliarda dolarów, a jedną z przyczyn stojących za tak olbrzymimi wydatkami jest fakt, że w procesie badań odpada aż 90% procent potencjalnych kandydatów na leki. Olbrzymie kwoty są zatem przeznaczane na produkty, które nigdy nie trafiają na rynek, a co za tym idzie, te, które wchodzą do sprzedaży muszą pokryć koszt nietrafionych inwestycji.

Oprogramowanie analizujące prace naukowe może być niezwykle przydatne. Nauki biologiczne rozwijają się w takim tempie, że nikt nie jest w stanie przeczytać wszystkich prac ze swojej specjalizacji. W ubiegłym roku do prowadzonej przez amerykańską Narodową Bibliotekę Medyczną bazy Medline dodano ponad milion prac naukowych. Obecnie w Medline znajdują się 23 miliony prac.

Czasami okazuje się, że kluczowymi informacjami są te, które są rozsiane po pracy naukowej i nie stanowiły przedmiotu zainteresowań badacza. Ich znalezienie jest jednak bardzo ważne - mówi Lawrence Hunter, dyrektor Centrum Farmakologii Obliczeniowej na University of Colorado Denver. Zauważa on, że naukowcy mogliby jeszcze przed rozpoczęciem badań korzystać z oprogramowania analizującego, by sprawdzić, czy hipotezy, które stawiają, nie zostały już przez kogoś sprawdzone. Myślę, że to naprawdę przyspieszy badania. Często marnujemy w laboratoriach wiele czasu, gdyż nie znamy całej literatury specjalistycznej - mówi.

oprogramowanie analiza kinaza białkowa praca naukowa p53